Olet täällä

27.3.2020 - 17:22

KAMK taltuttamassa koronavirusta supertietokoneella

Kajaanin ammattikorkeakoulu logo
Kajaanin ammattikorkeakoulu on valjastanut oman supertietokoneensa ratkaisemaan koronaviruksen lääkehoitoon tähtäävää haastetta yhdessä Yhdysvaltalaisen Stanfordin yliopiston School of Medicinen kanssa.

Kansainvälinen hanke Folding@home etsii koronaviruksen molekyylirakenteeseen liittyvää ratkaisua lääkehoidolle. Hankkeessa mallinnetaan viruksen pintarakennetta sekä sen proteiinin niin kutsuttua laskostumista. Rakenteen dynamiikan ymmärtäminen mahdollistaa täsmälääkkeiden kehittämisen.

Kajaanin ammattikorkeakoulun datasta tekoälyyn -insinööriohjelmassa työskentelevä Juha “Hulis” Hauhia on tuonut osan tästä ongelmasta ratkaistavaksi Vimpelinlaakson supertietokoneelle.  ”Valjastimme Bull-supertietokoneestamme 70 kappaletta laskentakortteja (Nvidia Tesla K40)  Folding@home laskentaan. Tämä tarkoittaa likimain 200.000 cuda-ydintä” kertoo Juha Hauhia. Cuda-ytimet ovat prosessoreita, jotka voivat suorittaa laskentaa rinnakkain, nopeuttaen näin viruksen lääkehoitoon tarvittavan tiedon käsittelyä.

”Tässä tilanteessa, teemme kaiken minkä pystymme, jotta virusta vastaan löytyisi lääke. Pienikin apu, jota voimme tarjota viruksen taltuttamiseksi on meille tärkeää.”, kertoo rehtori Matti Sarén.

Tulevaisuudessa yhä useampi tuotekehityshaaste on ratkaistavissa suurteholaskennalla. Tällöin tuulitunnelin ja pienoismallin rakentamisen asemasta voidaan esimerkiksi auton aerodynamiikkaa kehittää osana teollista muotoilua. Tämä nopeuttaa ja tehostaa uusien innovaatioiden löytymistä. Suurteholaskenta tuo myös näkymättömän näkyväksi, molekyylisimulaatiot ja lääkeainekehitys nopeutuu. Näin esimerkiksi eläinkokeiden määrää voidaan vähentää simulaatioiden kautta.

”KAMK on yksi harvoista korkeakouluista Euroopassa, jolla on käytössään opiskelijoiden ylläpitämä supertietokone. On merkittävää, että voimme olla mukana tällaisissa maailmalaajuisissa hankkeissa sekä opiskelijoidemme, osaamisemme, että laitteidemme kautta.” kertoo rehtori Matti Sarén.

Lue lisää kansainvälisestä Folding@home -hankkeesta: https://foldingathome.org/
 

Uusimmat